« Deltacron » : Devrions-nous nous inquiéter de la fusion de nouvelles variantes de COVID-19 ?

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Au cours de la semaine dernière, ma boîte de réception a été inondée de messages m’informant qu’une nouvelle variante du COVID-19 avait été découverte à Chypre. Baptisé « Deltacron », il aurait été responsable d’une série d’hospitalisations dans le pays.

J’ai gémi à l’idée d’une nouvelle variante et celle qui était censée être une combinaison des variantes Delta et Omicron semblait inquiétante. J’ai donc décidé de creuser un peu.

J’ai découvert que la nouvelle était apparue pour la première fois le 7 janvier, lorsque des scientifiques du Laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire de l’Université de Chypre, dirigé par le Dr Leondios Kostrikis, ont affirmé avoir rencontré une nouvelle variante du virus SARS-COV-2. Il avait, disaient-ils, déjà infecté au moins 25 personnes. Selon le Dr Kostrikis, la variante contenait des signatures génétiques de type Omicron dans les génomes Delta – d’où le nom “Deltacron”.

Le ministre chypriote de la Santé, Michalis Hadjipandelas, n’a pas tardé à souligner que la nouvelle variante n’était pas préoccupante à ce stade et que la séquence avait été envoyée à GISAID, une base de données en libre accès qui suit l’évolution du coronavirus.

La découverte de la nouvelle variante a commencé à devenir une tendance sur Twitter, mais les experts ont immédiatement conseillé la prudence. L’expert COVID-19 de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), le Dr Krutika Kuppalli, a expliqué sur Twitter qu’il n’existait pas de “deltacron” et qu’il s’agissait probablement d’une “contamination en laboratoire de fragments d’Omicron dans un échantillon de Delta”.

D’autres scientifiques sont rapidement intervenus, et l’opinion dominante était qu’il ne s’agissait pas d’une nouvelle variante mais très probablement d’un cas de contamination en laboratoire. Les mutations ne semblaient pas avoir un schéma recombinant, ont-ils expliqué, suggérant qu’Omicron et Delta n’avaient pas fusionné leur matériel génétique, bien que les deux circulent largement.

Le Dr Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres, a déclaré qu’une sorte de contamination dans le laboratoire avait probablement conduit à une erreur dans l’interprétation de la séquence génétique et a expliqué que de telles erreurs n’étaient pas rares dans les laboratoires.

Mais bien que « Deltacron » ne soit peut-être pas là, il est, en théorie, possible que deux variantes de coronavirus qui circulent en même temps se croisent et forment une version recombinante des deux variantes. Si quelqu’un est infecté par les deux variantes simultanément, il y a une petite chance que les deux puissent infecter une cellule humaine en même temps. Cela augmente les chances que leur matériel génétique – l’ARN – se mélange lorsqu’ils commencent à se multiplier et à se diviser à l’intérieur des cellules. Dans un tel cas, le nouveau variant recombinant inclurait le matériel génétique des deux variants.

Heureusement, cela ne semble pas encore s’être produit, mais ce n’est pas impossible. La meilleure façon de réduire les risques de fusion de variants pour former des variants recombinants est de réduire le nombre d’infections communautaires. L’accent doit aller au-delà de la seule portée des vaccins, bien que vacciner le monde soit extrêmement important, d’autres mesures sont nécessaires. Une étape clé serait de s’assurer qu’il y a de l’air pur à l’intérieur grâce à des mesures de filtration et de purification. Cela réduira le nombre de particules virales dans l’air et diminuera les chances que les gens les attrapent. Il sera également utile que tous les organismes de santé publique du monde recommandent fermement l’utilisation de masques FFP2 ou N95 qui filtrent plus efficacement les particules d’aérosols contenant des virus que les masques en tissu ou chirurgicaux.

En mettant en œuvre ces mesures, nous pourrions constater une nette baisse du virus en circulation et réduire considérablement les risques de formation d’un variant recombinant.

“Flurona”

Récemment, un autre terme fusionnant deux mots – grippe et coronavirus – a fait son apparition. « Flurona » fait référence aux cas où une personne est infectée par le COVID-19 et la grippe en même temps. Ce n’est pas une maladie distincte, alors même si les noms peuvent avoir été fusionnés dans le terme “Flurona”, les virus eux-mêmes n’ont pas fusionné.

La grippe et le SRAS-Cov-2 sont deux virus distincts qui causent deux maladies différentes, cependant, en raison de la façon dont les virus sont structurés et de la façon dont ils pénètrent dans les cellules, il est possible d’être infecté simultanément par les deux virus. Si cela se produit, la personne infectée peut avoir des symptômes des deux, mais les virus eux-mêmes ne fusionneront pas pour former un nouveau virus.

Bonne nouvelle : la variante IHU ne se propage pas

La variante, qui a reçu le nom d’IHU ou B.1.640.2, a été détectée pour la première fois en France à la fin de l’année dernière et est connue pour avoir 46 mutations distinctes qui sont surveillées pour échapper au vaccin et augmenter la transmissibilité.

La variante a déjà été définie par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) comme une “variante sous surveillance”.

La variante de l’IHU porte le nom de l’Institut Hospitalier Universitaire, le lieu où les cas ont été détectés pour la première fois. L’individu qui a été identifié comme ayant le premier cas de cette variante était originaire du Cameroun et aurait été complètement vacciné. Au total, 12 personnes ont été infectées par la variante IHU et toutes avaient voyagé depuis des destinations liées au cas index.

Les scientifiques ont commencé à examiner les mutations associées à B.1.640 et ne pensent pas qu’il soit aussi transmissible qu’Omicron et qu’il est donc peu probable qu’il se propage à un plus grand nombre de personnes car il sera facilement surpassé par Omicron. Alors que les chercheurs s’inquiétaient de la façon dont le nombre de mutations affecterait la transmissibilité de la variante, elle n’a pas été détectée en dehors de la région des Alpes du Sud de la France et étant donné que cela fait trois mois que le premier cas a été détecté, cela suggérerait qu’il n’est pas hautement transmissible. Nous n’en entendons parler que maintenant car le séquençage du génome est similaire à Omicron.

Bien qu’ils continuent de surveiller sa capacité à échapper à la protection offerte par les vaccins, l’attention du monde reste sur Omicron, et à juste titre.

Alors que certains experts ont déclaré qu’ils en savaient trop peu sur la variante B.1.640 pour faire des hypothèses sur le cours exact qu’elle prendra, d’autres pensent que de nouvelles variantes sont à prévoir à mesure que COVID-19 continue de se propager, celle-ci étant l’une d’entre elles – et tous n’obtiendront pas le type de traction observé avec les variantes Delta et Omicron.

L’OMS continue de demander à chacun de rester vigilant et de prendre les précautions nécessaires pour éviter d’être infecté par le COVID-19, beaucoup d’entre nous seront désormais habitués à suivre ces conseils : port d’un masque dans les espaces publics intérieurs, distanciation sociale et lavage régulier des mains.

De plus, il est important que les gens se fassent vacciner le plus tôt possible pour se protéger du virus.

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